Фазиль Абдулович Искандер родился 6 марта 1929 года в Сухуме (Абхазия). Его отец, иранец по происхождению, в 1938 году был выслан из СССР, мальчик рос у родственников по материнской (абхазской) линии.

Фазиль Искандер окончил сухумскую школу с золотой медалью, поступил в Московский библиотечный институт, в 1951 году перевелся в Литературный институт имени А. М. Горького, который окончил в 1954 году.

В 1954—1955 годах Искандер был литературным сотрудником газеты «Брянский комсомолец», в 1955—1956 годах — газеты «Курская правда».

В 1956 году переехал в Сухум, став редактором в абхазском отделении Госиздата.

Первые поэтические публикации Фазиля Искандера датированы 1952 годом. Свои работы поэт регулярно публиковал в журнале «Литературная Абхазия».

Первый сборник стихов Искандера «Горные тропы» вышел на русском языке в 1957 году в Сухуме.

С конца 1950-х годов также публиковался в журналах «Юность», «Неделя» и «Новый мир».

Первый рассказ был напечатан в 1956 году в журнале «Пионер». В 1966 году в журнале «Новый мир» была опубликована первая повесть писателя — «Созвездие Козлотура».

В 1979 году писатель принял участие в неподцензурном альманахе «Метрополь» (повесть «Маленький гигант большого секса»), изданном в США, за что на несколько лет был практически отлучен от советской печати. Только в 1984—1985 годах в периодике появились новые рассказы Искандера.

Среди произведений Искандера — стихи, рассказы, повести, романы: «Доброта земли» (1959, сборник стихов), «Зеленый дождь» (1960, сборник стихов), «Молодость моря» (1964, сборник стихов), «Зори земли» (1966, сборник стихов), «Тринадцатый подвиг Геракла» (1966, сборник рассказов), «Запретный плод» (1966, сборник рассказов), «Кролики и удавы» (1987, сатирическая повесть), «Сандро из Чегема» (1973?1988, полное издание — 1989; роман на автобиографической основе), «Человек и его окрестности» (1993, роман), «Софичка» (1995, рассказ) и др. В начале 2000-х годов вышли новые книги Искандера — «Ночной вагон», «Где зарыта собака», появилось десятитомное собрание произведений писателя. В журналах были опубликованы новые рассказы («Козы и Шекспир», 2001; «Гнилая интеллигенция и аферизмы», 2001; «Сон о Боге и дьяволе», 2002 и др.).

По мотивам произведений Искандера было снято множество фильмов. Среди известных экранизаций — картина Юрия Кары «Воры в законе» (1988), в основу которой легли рассказы «Чегемская Кармен» и «Бармен Адгур». В 1989 году вышло сразу два фильма по произведениям Искандера: картина «Созвездие Козлотура» и лента «Пиры Валтасара, или Ночь со Сталиным» — экранизация новеллы «Пиры Валтасара» из цикла «Сандро из Чегема». В 1992 году был снят фильм «Маленький гигант большого секса» с Геннадием Хазановым в главной роли. Картина стала экранизацией новеллы Искандера «О, Марат! «.

31 июля 2016 года Фазиль Искандер скончался в Москве.

Фазиль Искандер был членом Центральной ревизионной комиссии Союза писателей СССР (1986?1991), сопредседателем секретариата правления СП СССР (1991), народным депутатом СССР от Абхазской АССР (1989?1992), членом комиссий по Государственным премиям России, по правам человека и по помилованиям при президенте РФ, совета по культуре и искусству при президенте РФ.

Искандер также был академиком РАЕН (1995), Академии российского искусства (1995), Независимой академии эстетики и свободных искусств (1995), почетным доктором Норвичского университета (США), членом и лауреатом Баварской академии изящных искусств (Германия).

Фазиль Искандер был награжден орденами «За заслуги перед Отечеством» III (1999), II (2004) и IV (2009) степеней, орденом «Честь и слава» I степени Абхазии (2002).

Писатель был награжден рядом престижных отечественных и зарубежных премий: Государственной премией СССР (1989), Государственной премией РФ (1993), премией имени А. Д. Сахарова «За мужество в литературе» (1991), Пушкинской премией фонда А. Тепфера (1992), премией «Золотой Остап», Малапарти (Италия), «Триумф» (1998), памятной медалью РАН «Шедевры русской литературы ХХ века» за выдающийся вклад в развитие культуры России (2003) и др.

В 2011 году Искандер стал лауреатом литературной премии «Ясная Поляна» имени Л. Н. Толстого и обладателем премии правительства России за сборник «Избранные произведения».

Именем автора «Созвездия Козлотура» названа одна из малых планет.

В 2009 году Банк Абхазии выпустил памятную серебряную монету из серии «Выдающиеся личности Абхазии», посвященную Фазилю Искандеру номиналом 10 апсаров.

Фазиль Искандер был женат на поэтессе Антонине Хлебниковой. В браке родились двое детей — сын Александра и дочь Марина.